Neurogénétique et multi-omique des pathologies neuroinflammatoires chez des familles multiplex pour améliorer la santé des patients

Le projet NeuroDIP vise à faire progresser la recherche sur les maladies neuroinflammatoires en intégrant et en standardisant les données de plusieurs biobanques, en mettant l’accent sur les analyses génétiques, épigénétiques et transcriptomiques. Cet effort collaboratif s’aligne avec les objectifs de MESSIDORE 2024. Il implique plusieurs institutions académiques et de santé, notamment le CR2TI UMR1064 Inserm à Nantes, le CESP U1018 à Villejuif, le GGB UMR 1078 à Brest, et les CHU de Nantes, Rennes, Paris, Nice et Lyon. Le projet vise à améliorer la reproductibilité et le partage des données dans la recherche sur les maladies neuroinflammatoires, en s’appuyant sur des biobanques existantes, notamment la biocollection RefGenSEP.
Objectifs et contexte du projet
Le projet NeuroDIP vise à :
* Intégration et standardisation des données : développer des méthodologies pour intégrer les ensembles de données de RefGenSEP et OFSEP.
* Recrutement familial et analyses omiques : recruter de nouveaux individus apparentés aux patients atteints de neuroinflammation et mener des analyses génomiques, épigénomiques et transcriptomiques.
* Immuno-omique : développer et mettre en œuvre de nouvelles méthodes pour explorer ces données immuno-omiques et les interactions complexes dans ces maladies neuroinflammatoires.
* Développement d’outils innovants : créer des outils de traitement multimodal des données omiques pour améliorer leur partage et réutilisation.
En s’appuyant sur les infrastructures existantes (biobanques RefGenSEP et OFSEP), NeuroDIP maximise l’utilisation des données et échantillons collectés auparavant, assurant ainsi une utilisation efficace des ressources et évitant les duplications d’efforts. Cela correspond à l’objectif de MESSIDORE sur l’utilisation et la pérennisation des bases de données existantes pour améliorer la recherche.
État de l’art et importance
Les maladies neuroinflammatoires, en particulier la sclérose en plaques (SEP), présentent des défis complexes. En France, la SEP constitue un problème de santé publique majeur, avec 5000 nouveaux cas par an. Le projet s’appuie sur les progrès récents de GWAS qui ont identifié plus de 200 associations génétiques avec la SEP et le NMOSD. Cependant, ces associations nécessitent souvent des investigations plus approfondies, que le projet NeuroDIP veut aborder par le biais d’études familiales et omiques supplémentaires telles que la méthylation de l’ADN et le séquençage de l’ARN.
Plan méthodologique court
Aim 1 : renforcer RefGenSEP
* Task 1.1. Mise à jour des aspects réglementaires et éthiques.
* Task 1.2. Mise en œuvre d’une étude RIPH2.
* Task 1.3. Création d’une base de données harmonisée.
* Task 1.4. Recruter des individus issus des familles affectées.
Aim 2. Explorer l’immuno-omiques de la neuroinflammation
* Task 2.1. Séquençage.
* Task 2.2. Exploration génétique familiale de la SEP.
* Task 2.3. Modélisation du risque de neuroinflammation.
* Task 2.4. Immuno-Omiques.
* Task 2.5. Outil de visualisation pour les ensembles de données scRNAseq.
Résultats attendus et impact
L’initiative NeuroDIP vise à réaliser des découvertes transformantes sur les bases génétiques des troubles neuroinflammatoires. En mettant en place le protocole RIPH2 et en recrutant des familles complètes, le projet pourra découvrir de nouveaux marqueurs génétiques et voies critiques pour la neuroinflammation. Cette base de données génotype-phénotype complète deviendra un outil inestimable pour les chercheurs du monde entier, améliorant les recherches sur la susceptibilité et la progression des maladies. Les connaissances acquises enrichiront également les pratiques de conseil génétique, amélioreront la précision diagnostique et identifieront de nouvelles cibles thérapeutiques, améliorant ainsi les soins et les résultats des patients.
Synergie avec la Vision de MESSIDORE.
En développant des méthodologies et des outils qui améliorent le partage et l’intégration des données, NeuroDIP contribue à la création d’infrastructures de recherche pérennes. Cette approche proactive s’aligne avec la vision de MESSIDORE de préparer la recherche aux défis et opportunités futurs. La nature à grande échelle et intégrative de NeuroDIP, impliquant plusieurs biobanques et des données omiques complètes, garantit un impact significatif sur la recherche sur les maladies neuroinflammatoires.
Dimension collaborative
MESSIDORE soutient des projets collaboratifs intégrant plusieurs disciplines. Le projet NeuroDIP implique un large éventail d’expertises : génomique, recherche clinique, immunologie, neurobiologie, épidémiologie, biostatistique et recherche technologique. Cette approche multidisciplinaire garantit des résultats de recherche robustes, tirant parti des forces de chaque équipe participante et favorisant l’innovation dans la recherche sur les maladies neuroinflammatoires.
Faisabilité et ressources
La faisabilité du projet NeuroDIP est soutenue par des infrastructures établies, telles que la biocollection RefGenSEP, le cadre de collaboration avec l’OFSEP et plusieurs CHU. L’accès à des ressources de calcul à haute capacité, comme le serveur Glicid, renforce encore le potentiel de succès du projet. Avec une méthodologie bien définie et un réseau de collaboration solide, le projet NeuroDIP est bien positionné pour atteindre ses objectifs dans le délai proposé et au-delà si nécessaire.
Conclusion
Le projet NeuroDIP est parfaitement adapté au financement dans le cadre de l’appel à projets MESSIDORE. Il représente une stratégie novatrice en médecine génomique, visant à améliorer significativement la compréhension et la gestion des maladies neuroinflammatoires. Grâce à des méthodologies innovantes, une collaboration étendue et une intégration et un partage des données, ce projet apportera des informations précieuses et des applications pratiques qui bénéficieront aux patients et feront progresser le domaine de la recherche sur les maladies neuroinflammatoires.